いつもWINEを設定するのにPuppy Linuxで遊ぶ!のhttp://puppylinuxforever.blogspot.jp/2009/01/wine.htmlを参考にさせてもらっていますので、ここに書き留めておきます。
1.exeをWineで開く様にする。/root/.wine/drive_c/windowsからnotepad.exeを選択し右クリックで「対応ア プリを設定」を開きます。「シェルコマンドを入力してください」の所を「wine "$@"」に変更する。これで全てのxxxxx.exeプログラムをクリックした場合wineで起動出来る様になる。

2.日本語入力の設 定をする。この設定をしないと日本語入力がうまく出来ないものがある。方法は色々なWebサイトに書かれているので今更だが、/root/.wine /user.regの最後に以下を追加する。"root"の部分を"onthespot"や"offthespot"または"overthespot"な どにしたが"root"が一番使いやすい様に思う。日本語のインライン変換が対応出来ないソフトもあります。

[Software\\Wine\\X11 Driver]
"InputStyle"="root"

3.Windows の代替フォントを指定する。/root/.wine/user.regに以下を追加する。色々な雑誌やサイトに記載されているのでそのまま採用しました。 代替フォントはIPAモナーを使用するので、/usr/share/fonts/default/TTFに別途インストールします。他のフォント時は記述 を変更します。日本語のUTF16コードポイントで記述するみたいです。

[Software\\Wine\\Fonts\\Replacements]
"MS Gothic"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc \x30b4\x30b7\x30c3\x30af"
"MS Mincho"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc \x660e\x671d"
"MS PGothic"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc P\x30b4\x30b7\x30c3\x30af"
"MS PMincho"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc P\x660e\x671d"
"MS UI Gothic"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc UI\x30b4\x30b7\x30c3\x30af"
"\xff2d\xff33 \x30b4\x30b7\x30c3\x30af"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc\x30b4\x30b7\x30c3\x30af"
"\xff2d\xff33 \x660e\x671d"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc \x660e\x671d"
"\xff2d\xff33 \xff30\x30b4\x30b7\x30c3\x30af"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc P\x30b4\x30b7\x30c3\x30af"
"\xff2d\xff33 \xff30\x660e\x671d"="IPA \x30e2\x30ca\x30fc P\x660e\x671d"

4.Puppy の/usr/share/wine/fontsにあるtahoma.ttfとtahomabd.ttfを削除する。このフォントがあるとWineが優先的 に使い、文字化けを発生させるらしいので邪魔なものは消す。tahomaは少し不完全なフォントのようです。

5.Wine config(Wineの設定)を起動させる。「ディスクトップ統合」タブを選択し「外観」の所にある「項目」のプルダウンメニューで「メニューのテキス ト」を選択する。フォントのボタンが有効になるので各ソフトのメニューで表示させる好きなフォントを選ぶ。とりあえずM+1P+IPAGを選択した。表示 がどうでもいい方は設定しなくても問題ありません。

現状のWineではフォントに埋め込みbitmapデータを含んでいる場合 bitmapが優先的に表示されるらしく、見栄えが非常に悪い状態になる様です。これを解消させるにはフォントデータから埋め込みbitmapのデータを 消去させるなどの変更が必要らしいです。フォントの見栄えは悪いが文字化けせずに表示されるので、これで良しとします。時間取ってもすぐにWineがバー ジョンアップするので最低限な設定で終わらせることにしています。

Puppy4.1.2日本語版+Wine-1.1.13使用